A Superintendência de Obras é responsável por supervisionar a criação de projetos e a execução de obras de infraestrutura urbana em São Luís. Ela se divide em duas coordenações principais: a Coordenação de Projetos de Obras, que elabora, analisa e orça projetos, além de acompanhar a construção e manutenção de obras públicas; e a Coordenação de Normas, Controle e Fiscalização de Obras, que estabelece padrões para licitações, cadastra obras e fiscaliza a execução de projetos por terceiros, podendo suspender pagamentos se as especificações não forem cumpridas.
A Superintendência de Infraestrutura Viária é responsável por liderar e executar todas as obras e serviços relacionados à infraestrutura de ruas e estradas. Ela conta com a Coordenação de Terraplenagem e Pavimentação, que cuida do cadastro, planejamento e execução de obras viárias, como terraplenagem e pavimentação, além de fiscalizar a qualidade dos serviços. A Coordenação de Insumos e Produção de Massa Asfáltica planeja e supervisiona a produção de asfalto na usina municipal, garantindo a qualidade, controlando o estoque de matéria-prima e gerenciando a distribuição do material.
A Superintendência de Saneamento Básico em São Luís é responsável por gerenciar a distribuição de água e a coleta de esgoto em comunidades não atendidas pela concessionária, além de administrar o sistema de drenagem urbana. Ela opera através da Coordenação de Operação e Manutenção dos Sistemas de Distribuição de Água e de Coleta de Esgoto, que garante o abastecimento de água para comunidades carentes, realiza trabalhos educativos sobre o uso da água, faz exames periódicos em poços, e supervisiona a manutenção e expansão desses sistemas. Complementarmente, a Coordenação de Drenagem cuida da manutenção e limpeza do sistema de drenagem urbana, como canais e bueiros, supervisiona projetos de expansão e fiscaliza empresas contratadas para garantir a qualidade dos serviços.
A Superintendência de Limpeza Pública em São Luís é responsável por supervisionar a limpeza pública e a destinação final dos resíduos sólidos. Ela conta com a Coordenação de Normas, Controle e Fiscalização de Limpeza Pública, que estabelece padrões de qualidade e frequência para os serviços, define os locais de coletores, e fiscaliza as empresas contratadas para garantir o cumprimento das normas, podendo propor a rescisão de contratos em caso de descumprimento. A Contratação de Tratamento e Destinação Final de Resíduos Sólidos cuida da pesagem e fiscalização das cargas de lixo nos caminhões, do controle operacional do aterro sanitário, da elaboração de mapas de controle para pagamento e da manutenção das instalações do aterro, assegurando que o descarte seja feito de forma adequada e ambientalmente segura.
A Superintendência de Iluminação Pública é encarregada de liderar a concepção e execução de projetos para melhorar e expandir a iluminação pública em São Luís, além de controlar e fiscalizar esse serviço essencial. A Coordenação de Projetos e Custos de Iluminação Pública é responsável por elaborar e supervisionar a execução desses projetos de expansão, garantindo a qualidade e o cumprimento das especificações por parte das empresas contratadas, podendo inclusive propor a rescisão de contratos se as normas não forem seguidas.
A Superintendência de Atividades Auxiliares é responsável por comandar e dirigir todas as atividades de apoio essenciais para o funcionamento da Secretaria. Ela conta com a Coordenação de Apoio Administrativo, que gerencia o pessoal (frequência, licenças, férias, lotação), o controle de material e patrimônio, o protocolo e o arquivo. A Coordenação de Gestão da Frota de Veículos e Máquinas Pesadas cuida da conservação, manutenção, distribuição e controle de toda a frota de veículos e máquinas pesadas da Prefeitura, incluindo impostos, multas e seguros. Por fim, a Coordenação de Orçamento e Finanças elabora a proposta orçamentária da Secretaria, a programação financeira e realiza a emissão e liquidação de despesas.