O Instituto da Cidade foi criado originalmente como Instituto de Pesquisa e Planejamento do Município - IPLAM pela mesma lei de criação do Plano Diretor de São Luís de 1992 (Lei nº 3.252/92). Permaneceu com este nome por 13 anos, quando em 2005, após reforma administrativa municipal passou a se chamar Instituto de Pesquisa e Planificação da Cidade - IPPC. Em 2006 coordenou a revisão do Plano Diretor de São Luís, através de um processo participativo, obedecendo aos princípios e diretrizes do Estatuto da Cidade. Após a revisão do Plano, o Instituto iniciou uma nova fase administrativa em 2007, quando finalmente foi aprovada a nomenclatura atual - Instituto da Cidade, Pesquisa e Planejamento Urbano e Rural - INCID.
O Instituto da Cidade, atualmente presidido pelo arquiteto Francisco José Batista Barros, é vinculado à Secretaria Municipal de Planejamento e Desenvolvimento - SEPLAN e está organizado sob a forma de Autarquia, com autonomia administrativa, financeira e dotação orçamentária própria.